1988–1989 besuchte Wilfling die Meisterschule bei Gerhard Lojen an der Ortweinschule Graz. 1989–1993 folgte ein Studium der Bildhauerei bei Bruno Gironcoli an der Akademie der bildenden Künste in Wien.
Seit den 1980er-Jahren ist die Verbindung von Skulptur und Design und die Konstruktion von Plastiken mit dem Gebrauchswert von Möbeln ein aktueller Trend. „Site specifity“, das Schaffen von Werken für einen speziellen Ort, wird zu einer seiner wichtigen Produktionsmethoden. Markus Wilfling verwendet bevorzugt Alltagsobjekte und deren zunächst unspektakuläre Erscheinungen. Durch den Einsatz von Spiegeln und Schatten werden Gegenstände, die im Alltag gerne „übersehen“ werden, wieder neu in den Blickpunkt gerückt, indem Wahrnehmungen irritiert werden.
Wilflings Arbeiten basieren auf einer genauen Beobachtung ihrer optischen Qualitäten. Phänomene der gegenständlichen Welt werden auf eine künstlerische Ebene geführt. Er kehrt Alltagssituationen in ambivalente um, dabei vermeidet er bewusst den Anschein des Inszenierens. Gewöhnliche Verhältnisse werden in ästhetische transformiert, beispielsweise seine Schattenobjekte. Der Grazer Uhrturmschatten war jenes Kunstwerk, das ihm zu großer Bekanntheit verhalf – er installierte es im Rahmen der Kulturhauptstadt „graz03“ auf dem Grazer Schlossberg. Das Wahrzeichen der Stadt wurde mit einem Schatten versehen, um auch auf die Schattenseiten der Geschichte von Graz hinzuweisen. Heute befindet sich das Objekt vor der Shopping City Seiersberg.
Des Weiteren ist sein Werk geprägt durch Spiegelobjekte, die Konturen der Leere und weitere Schattenobjekte. Markus Wilfling konzipiert auch Projekte für den öffentlichen Raum, wie unter anderem sein Projekt Someone ist visiting Graz, bei dem er einen halb geöffneten Sarg am Murufer platzierte, oder sein installierter Basketballkorb mit Basketball an der Kunsthaus-Baustelle belegen. Der Künstler realisiert auch Projekte in Zusammenarbeit mit der Kirche St. Andrä, wie unter anderem das Sprungbrett für einen Raum, ein Glasfenster, das in ein Kirchenfenster eingelassen wird oder eine Schaukel, die als permanentes Kunstwerk in der Kirche verblieben ist.
Wilfling erhielt 1999 ein Arbeitsstipendium anlässlich des Förderungspreises für zeitgenössische bildende Kunst der Steiermark. 2001 wurde er mit dem Förderungspreis des Landes Steiermark geehrt und 2003 erhielt er den Kunstpreis der Diözese Graz-Seckau. Die Arbeiten des Künstlers waren 1995 bei der Grafikbiennale in Udine zu sehen, 1998 im Österreichischen Kulturinstitut London und 2004 im Wiener Künstlerhaus.