1977–1979 besuchte er die Kunstgewerbeschule in Graz und war Schüler von Josef Pillhofer. 1981–1985 studierte er an der Hochschule für angewandte Kunst in Wien. Er arbeitete dort unter anderem mit Bruno Gironcoli.
1984 stellte Kienzer in der Wiener Secession aus. 1985 wurden seine Werke in den Wiener Galerien Peter Pakesch und Grita Insam gezeigt. 1985–1990 erhielt der Künstler den Förderungspreis des Landes Steiermark. 1989 wurden ihm die Förderungspreise der Stadt Graz und des Landes Oberösterreich zuerkannt. 1993 gewann er den Hauptpreis beim Österreichischen Grafikwettbewerb sowie den Kunstpreis der Diözese Graz-Seckau. 1994 stellte der Künstler im Rahmen der Grafikbiennale von Zagreb aus, und im selben Jahr auch im Salzburger Rupertinum. 1997–2005 war er mit seiner Kunst im Museum für angewandte Kunst in Wien vertreten. 2001 wurde er mit dem Msgr. Otto-Mauer-Preis ausgezeichnet. 2004 erhielt er den Preis der Stadt Wien. 2005–2006 war er als Gastprofessor für Kunst und kommunikative Praxis am Institut für Bildende und Mediale Kunst der Universität für angewandte Kunst Wien tätig. 2009 wurde ihm der Viktor-Fogarassy-Preis verliehen.
Zu seinen Arbeiten zählen Skulpturen, Installationen und Zeichnungen, bei denen er sich mit Themen wie Raum, Zeit, Fläche und Verdichtung beschäftigt. Michael Kienzer arbeitet seit Jahren mit vorgefundenen Materialien. Arbeiten mit geschnittenen, geklebten Glasplatten, mit Draht umwickelte, aus Blech geformte Pfeiler oder Röhrenformen, säulenartige Objekte aus gewundenen Kupferrohren, textile Rundobjekte aus Seilen, Teppichen usw. Readymades wie Teppiche oder Filmrollen werden nicht autonom, sondern als Werkstoff für seine Plastiken eingesetzt.
Kienzer gehört zur Generation junger Plastiker in Österreich, die mit innovativen Mitteln den traditionellen Begriff von Skulptur infrage stellen. Mitte der 80er-Jahre verwendete er Grundformen aus Drahtgerüsten, die er mit Gips, Polyester, Eisen oder Beton verändert. Farbige Bemalungen geben den Skulpturen etwas Organisches. Später beginnt er sich intensiv mit dem Material Glas auseinanderzusetzen. Zu dieser Zeit entstehen auch Arbeiten aus Stoffen und Stricken, zusammengesetzt zu überdimensionalen Knäueln.