Mit der Schließung des „Museums für Vor- und Frühgeschichte“ im Jahr 2004 sowie des „Münz- und Antikenkabinetts“ 2005, beide seit 1971 bzw. 1982 im Erdgeschoss von Schloss Eggenberg beheimatet, war der Boden für einen Neubeginn geebnet. Die Abteilungen waren seit ihrer Gründung an mehreren Standorten innerhalb des Joanneums beheimatet gewesen: Die Sammlungen des „Münz- und Antikenkabinetts“ bzw. der späteren Abteilung „Prähistorische Sammlung, Antiken- und Münzenkabinett“ waren seit ihrer Gründung bis 1971 im Lesliehof in der Raubergasse, dem Stammhaus des Joanneums, ausgestellt.

1889 wurden die mittelalterlichen und neuzeitlichen Objekte aus Platzmangel in das Prandstetter-Teimersche Haus in der Schmiedgasse ausgelagert. 1965 wurde die Römersteinsammlung in das Schloss Eggenberg verlegt und am Stiftungstag desselben Jahres in einem Schutzbau im dortigen Schlosspark präsentiert. Mit der Planung des neuen Archäologiemuseums durch „BWM Architekten und Partner“ setzten auch eine umfassende Sichtung und die digitale Erfassung der Bestände ein. Parallel zur wissenschaftlichen und gestalterischen Planung erfolgte eine umfangreiche Konservierung und Restaurierung der Objekte. Von Beginn an war es der erklärte Wunsch der wissenschaftlichen Kurator*innen, die mit der Neuaufstellung von 1971 in ein „Museum für Vor- und Frühgeschichte“ und ein „Antikenkabinett“ getrennten Sammlungsbestände wieder gemeinsam zu präsentieren. Mit dem neuen Archäologiemuseum konnte dies in idealer Weise realisiert werden.

Das Anliegen der Ausstellungsgestalter*innen war es vor allem, ein Museum zu schaffen, das alle anspricht, die sich für Menschen, ihre Lebenswelten, ihre Ausdrucksformen von Religiosität sowie für die wechselnden gesellschaftlichen Bedingungen interessieren. Das Archäologiemuseum soll darüber hinaus auch vermitteln, wie begrenzt und bruchstückhaft unser Wissen über die Vergangenheit oft ist – was manche Fragen offen lässt.