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Das Joanneum wurde 1811 von Erzherzog Johann im Geiste der Aufklärung als erstes öffentliches Museum Österreichs gegründet, um "die Geistesbildung zu verbreiten", "die Wissbegierde zu reizen" und "das Lernen zu erleichtern". Auch mehr als 200 Jahre später ist dieser Auftrag immer noch gültig, wenngleich die Welt und auch das Joanneum sich seit 1811 grundlegend verändert haben.
Heute zählt das Joanneum zu den größten Universalmuseen in Europa und verfügt über 20 Sammlungen. Vier weitere Abteilungen übernehmen zentrale "Servicefunktionen" für den Museumsbetrieb sowie für die Besucher*innen des Universalmuseums Joanneum. Mehr als 4,9 Millionen Sammlungsobjekte sind die Grundlage für ein inhaltlich breit gefächertes Ausstellungs- und Veranstaltungsprogramm, das in 14 Standorten in Graz sowie in Trautenfels, Stainz, Premstätten, Alpl, Krieglach, Stübing und Wagna präsentiert wird. Seit 2022 ist mit der Tierwelt Herberstein in Stubenberg am See auch ein Zoo Teil des Konzerns.
Am 11. Mai 2024 eröffnete das Erzherzog Johann Museum in Schloss Stainz: Zum Universalmuseum Joanneum gehören damit 20 Museen und ein Zoo in der Steiermark.
Die Sammlungen des Universalmuseums Joanneum repräsentieren einen Zeitraum von mehreren Millionen Jahren und werden im Rahmen van inspirierenden und informativen Dauer und Sonderausstellungen sowie inhaltlich vertiefenden Veranstaltungen vermittelt. Die Vielfalt an Themen und Wissensbereichen ermöglicht auch außergewöhnliche und interdisziplinare Herangehensweisen an komplexe Fragestellungen. Insgesamt legt das Universalmuseum Joanneum großen Wert auf eine publikumsnahe und zeitgerechte Art der Präsentation, wobei das Hauptaugenmerk dem optimalen Zusammenwirken der verschiedenen Standorte und Sammlungen gilt, die in ihrer Vielgestaltigkeit den einzigartigen Charakter des Joanneums prägen.
In seinen ersten Jahrzehnten war das Joanneum eine Lehr- und Forschungsanstalt mit naturwissenschaftlich-technischem Schwerpunkt, die dazugehörigen Sammlungen dienten sowohl dem Studium als auch der musealen Präsentation. Die Adresse des Joanneums war der "Lesliehof" in der Grazer Raubergasse, an den bis in die 1880er-Jahre auch ein größer Botanischer Garten, der "Joanneum-Garten", angeschlossen war. Erzherzog Johann gelang es, bedeutende Wissenschaftler für das Joanneum zu gewinnen: Der Mineraloge Friedrich Mohs entwickelte die nach ihm benannte Härteskala für Mineralien am Joanneum, und auch Franz Xaver Unger, der "Vater der Paläobotanik", sowie Nikola Tesla - der Erfinder des Wechselstroms - forschten und lehrten in Graz. 1864 erlangte das Joanneum den Rang einer "k. k. Technischen Hochschule". In den Jahren 1878 bis 1887 erfolgte die Ausgliederung der Hochschule (ab 1975: Technische Universität Graz) und die Umformung der Sammlungen in das Landesmuseum Joanneum. Im Laufe des 19. Jahrhunderts sind aus dem Joanneum weitere bedeutende wissenschaftlich-kulturelle Einrichtungen hervorgegangen, wie die Montanuniversitat Leoben, das Steiermärkische Landesarchiv und die Steiermärkische Landesbibliothek.
Im Jahr 2003 entschloss man sich, das zuvor eng an die Steiermärkische Landesverwaltung gebundene Landesmuseum Joanneum in eine gemeinnützige GmbH umzuwandeln. Unter der Geschäftsführung von Peter Pakesch (künstlerischer Intendant bis Herbst 2015) und Wolfgang Muchitsch (wissenschaftlicher Direktor) wurde noch im selben Jahr ein umfassender Modernisierungsprozess eingeleitet, der 2011 - zum 200-Jahr-Jubilaum des Joanneums, das seit 2009 "Universalmuseum Joanneum" heißt - seinen vorläufigen Höhepunkt erreichte: Mit der Eröffnung des Joanneumsviertels wurden die historischen Museums- und Bibliotheksgebäude Raubergasse, Neutorgasse und Kalchberggasse zu einer funktionalen und architektonischen Einheit zusammengeführt, die über ein unterirdisch gelegenes Besucher*innen-Zentrum verbunden ist.
Das Joanneumsviertel, das auch einen starken städtebaulichen Akzent in der Grazer Altstadt setzt, zählt zu den größten Kulturzentren Österreichs und ist der Standort der Neuen Galerie Graz mit dem BRUSEUM, des Naturkundemuseums, des CoSA ‒Center of Science Activities und der Steiermärkischen Landesbibliothek.
Von 2018 bis 2023 leiteten Wolfgang Muchitsch (wissenschaftlicher Direktor) und Alexia Getzinger (kaufmännische Direktorin) das Universalmuseum Joanneum. Seit 01. Jänner 2023 ist Marko Mele wissenschaftlicher Direktor und seit 01. April 2023 hat Josef Schrammel die kaufmännische Leitung des Universalmuseums Joanneum.
Im Jahr 2023 verzeichnete das Universalmuseum Joanneum rund 1.134.000 Besucher*innen.
