Grundlage des mineralogischen Sammlungsbestandes war im Gründungsjahr 1811 die Privatsammlung Erzherzog Johanns, die mehrere Tausend erlesene Stücke umfasste. Heute ist die Sammlung auf rund 80.000 Objekte angewachsen.
Seit 2013 ist sie mit ihren zwei zentralen Schwerpunkten (weltweit-systematisch und regional) sowie mehreren Vergleichs- und Arbeitssammlungen wieder in ihrer historischen Originalaufstellung aus dem 19. Jahrhundert zu sehen – im Naturkundemuseum des Joanneumsviertels.
Geschichte der Mineralogischen Sammlung
Zwischen 1812 und 1818 war die Mineralogische Sammlung auch die Arbeitsstätte von Friederich Mohs, der als Kustos und Professor für Mineralogie von Erzherzog Johann nach Graz geholt worden war. In dieser Zeit kamen die Arbeiten an der weltweit bekannten und noch immer angewandten zehnteiligen (Mohs'schen) Ritzhärteskala zum Abschluss.
Der Nachfolger von Mohs, Josef Mathias Anker, legte die Grundsteine für die vaterländisch technologische Sammlung, die vor allem nutzbare Mineralien vom Rohstoff über die Zwischen- bis zu den Endprodukten umfasste. Von Anker stammt auch die erste Übersicht über Mineralvorkommen der Steiermark sowie die erste geologische Karte der Steiermark, die überhaupt eine der ersten geologischen Karten weltweit war.
Unter Eduard Hatle wurde die Neuaufstellung der gesamten Sammlungen in den Jahren zwischen 1890 und 1895 bewerkstelligt.
Der Kustos Alois Sigmund verfasste in seiner Grazer Zeit (1909 bis 1932) unter anderem eine noch heute oft zitierte Mineralogie der Steiermark.
2004 bekam die Lagerstättensammlung wertvollen und wahrlich schwerwiegenden Zuwachs durch die großzügige Schenkung von mehreren Schwarzen Rauchern aus dem Pazifik durch Univ.-Prof. Dr. Werner Tufar.