Neben Felsen, Ruderalflächen und Wiesen prägen vor allem Wälder den Hauenstein. Meist stocken ausgedehnte Buchenmischwälder, die aufgrund ihres dichten Laubdaches nur wenige schattenverträgliche Sträucher und Kräuter in der unteren Etage zulassen. Lediglich vor dem Austrieb der Buche Anfang Mai, wenn die Sonnenstrahlen noch den Boden erreichen, zeigt sich eine Heerschar an Frühjahrsblühern wie Lärchensporn, Bärlauch oder Buschwindröschen.
Viele typische waldbewohnende Tierarten sind streng an Strukturen gebunden. So benötigt der Schwarzspecht Altbäume zur Anlage seiner Bruthöhlen, der Feuersalamander kleine Quellläufe, in denen er seine Larven ablegt, und zahlreiche Kleintiere eine dicke, feuchte Laubschicht. Am Waldrand, wo unterschiedliche Lebensräume aufeinandertreffen, ist die Artenvielfalt besonders hoch, im Inneren des Waldes nimmt sie jedoch deutlich ab.