Da sich die Sammlungen seit ihrer Stiftung 1811 im Besitz des Landes Steiermark befinden, war das Joanneum lange Zeit auch eng an die Landesverwaltung gebunden.
2003 wurde es jedoch nach reiflicher Überlegung in die Form einer gemeinnützigen GmbH umgewandelt, um im internationalen Museumsbetrieb konkurrenzfähig zu bleiben.
2009 bekam das Joanneum ein neues Corporate Design. Um die Vielfalt der Sammlungen auch im Namen zu verankern, wurde der Name der ehemaligen Abteilung der Steiermärkischen Landesverwaltung ebenfalls erneuert: Aus dem Landesmuseum wurde somit das Universalmuseum Joanneum.
Seit 2023 führen Dr. Marko Mele als wissenschaftlicher Geschäftsführer und Mag. Josef Schrammel als kaufmännischer Geschäftsführer die Universalmuseum Joanneum GmbH.
Um die globale Vernetzung des Museums zu fördern und insbesondere im Kunsthaus Graz einen hochwertigen Ausstellungsbetrieb zu gewährleisten, wird die Suche nach Partnerschaften mit nationalen und internationalen Museums- und Kultureinrichtungen forciert. In den Ausstellungen sollen alle Bereiche der Schausammlungen in einer publikumswirksamen und zeitgerechten Art präsentiert werden. Dabei gilt das Hauptaugenmerk dem optimalen Zusammenwirken der verschiedenen Standorte des Museums, die in ihrer Vielgestaltigkeit den einzigartigen Charakter des Universalmuseums prägen.
Mit der Gründung der GmbH hat das Universalmuseum Joanneum einen höheren Grad an Eigenverantwortlichkeit und Autonomie in personeller und budgetärer Hinsicht erlangt. Das Land Steiermark bleibt jedoch – ganz im Sinn der Stiftung Erzherzog Johanns – weiterhin Eigentümer der Liegenschaften und Träger der Vermögensrechte am Museum.
